오디세이의 이야기는 기원전 480년, 레오니다스 왕이 테르모필레 전투에서 페르시아와 맞서면서 스파르타 군대를 이끄는 장면에서 시작되요. 접전에서 승리하지만 레오니다스는 포로로 잡힌 적으로부터 페르시아 군대가 스파르타의 이동 경로를 알게되 아침에 포위할 것이라는 정보를 얻게됩니다. 그럼에도 불구하고 레오니다스는 페르시아군의 진격을 저지하기로 결심해요. 2018년으로 돌아와서 레일라 하산은 레오니다스의 창을 가지고 손자인 알렉시오스와 카산드라의 DNA를 추출하여 애니머스에서 헤르메스 트리스메기스투스의 지팡이를 찾으려고 노력합니다.
기원전 431년, 펠로폰네소스 전쟁이 발발하고 주인공인 독수리를 거닌 자(알렉시오스 또는 카산드라)는 메갈리스의 폴리스에서 스파르타의 늑대를 암살하기 위해 엘페노르라는 상인에게 고용되어 키클롭스에게 고문당하고 있는 바르나바스를 만나게되고 구해준 대가로 자신의 아드레스티아 호를 내어주어 함께 케팔로니아를 떠나게 됩니다. 메갈리스에 도착해 스파르타의 늑대가 아버지인 니콜라오스라는 것을 알게되었지만 생물학적 아버지가 아니며 또 다른 입양된 아들 스텐토르가 있다는 것을 알게된 후 자신의 어머니인 미르리네를 찾기 위한 여정을 떠나게 됩니다.
한편, 엘페노르가 코스모스 교단의 일원임을 알게 된 주인공은 엘페노르를 죽이고 그의 가면과 망토로 변장해 코스모스 교단의 비밀 모임에 잠입해 교단이 주인공의 가족을 목표로 삼고 있다는 것을 알게 되고 바르나바스와 헤르도토스와 함께 그리스 전역을 샅샅이 뒤져 낙소스의 폴리스에서 미르니네와 재회를 하게되고 본격적으로 코스모스 교단의 활동을 방해하기 시작하고 주인공의 동생 데이모스도 다시 가족의 품으로 되돌리고 스파르타의 시민권과 조상의 영지를 회복하기 위해 노력하게 되요. 교단을 제거한 주인공은 델포이에 있는 성역으로 돌아가 교단원의 마지막 일원을 만나게되고 교단이 가지고 있는 유물을 파괴하거나 마지막 일원을 어떻게 처리할지 결정하게 됩니다. 이 과정에서 생물학적인 아버지를 만나 헤르메스 트리스메기스투스의 지팡이를 물려받아 아틀란티스의 비밀을 지키게 됩니다.
DLC중 하나인 최초 암살검의 등장은 템플 기사단의 전신인 고대의 기사단과 주인공의 갈등에 초점을 맞추고 있습니다. 기사단은 암살자의 혈통을 끝내기 위해 어세신크리드 2에서 언급되는 크세르크세스 1세를 암살했던 다리우스가 등장합니다. 이는 이질적인 기존 시리즈와의 연결고리를 만들기 위한 것이고 마케도니아에 도착한 주인공은 페르시아에서 건너와 스파르타 군대를 거닐면서 민간인들을 학살 중인 고대 결사단들을 발견하게 되고 이들을 제거하는 다리우스를 만나 서로 협력해 민간인들을 안전하게 탈출 시키고 주인공이 가정을 꾸리는 스토리로 이어지면서 오리진과 자연스럽게 이어지게 만드는 DLC에요.
두번째 DLC인 아틀란티스의 운명은 기원전 422년, 주인공의 실제 아버지로부터 받은 헤르메스 트리스메기스투스 지팡이를 물려받은 후 이수 알레테이아를 만나게 되면서 시작됩니다. 알레테이아는 지팡이의 수호자로서 기억의 계승자가 문을 여는 데 필요한 상징이 있는 세개의 무덤을 찾으면 아틀란티스로 가는 문을 열수 있다고 하게되고 알레테이아가 시뮬레이션으로 구현한 사후세계인 엘리시움으로 가서 페르세포네를 만나 아도니스가 이끄는 인간의 반란에 대해 알게되고 주인공은 둘 사이의 갈등 속에서 결국 어느 쪽을 선택하게 됩니다.
이후 지하 세계로 추방되어 하데스의 애완견인 케르베로스를 물리치게 되고 그 영향으로 타르타로스와 지하 세계에 수많은 균열이 생겨 타르타로스에 갇혀있던 영혼들이 지하 세계로 풀려나게 됩니다. 이런 혼돈을 막기 위해 하데스는 주인공에게 균열을 막을 새로운 수호자들을 찾으라고 지시하고 그 대가로 지팡이에 대해 가르쳐 주겠다고 약속하게 되요. 주인공이 수호자들을 찾는 과정에서 본편에서 죽었던 사람들을 다시 만나게 됩니다. 모든 수호자를 찾게되면 포세이돈이 나타나 주인공을 아틀란티스로 데려가게 됩니다.
아틀란티스에 도착한 주인공은 이수 대신 포세이돈의 재판관으로 임명이 되어 포세이돈의 법을 어기는 이수들을 찾는 일을 하게됩니다. 그러던 중 이수의 유물과 인간을 결합해 괴물을 만드는 실험을 비밀리에 진행하고 있다는 것을 알게되고 포세이톤의 법을 어긴 이수들을 처단하게 되는데 결국 이수와 인간들이 평화롭게 지내기 힘들다는 결론을 내새운 포세이돈은 주인공과 함께 최후의 결정을 내리게 되요.
마지막으로 DLC는 아니지만 소중한 이들이라는 코르푸 섬에서 진행되는 짧은 스토리가 있습니다. 모험에 지친 주인공은 모험으로부터 멀어지기 위해 코르푸 섬에서 홀로 휴식을 취하고 있는데 반년이 지난 후 바르나바스와 헤로도토스가 찾아와서 보물을 찾자고 요청하게 되요. 주인공은 코르푸의 숨겨진 유물을 찾던 도중 우연히 해적 무리를 발견해 유물이 보관된 상자의 열쇠를 찾습니다. 하지만 헤로도토스를 납치한 해적들에게 열쇠를 넘겨주게 되고 해적 선장이 에덴의 사과를 발견해 선장을 죽이게되고 유물이 창을 망가트리게 됩니다.
이후 알레테이아가 주인공을 깊은 무덤으로 불러들여 전 세계에 숨겨진 또 다른 이수의 유물 에덴의 사과들의 위치들을 알려주게되고 수호자로서 유물을 찾아 파괴해야한다고 주장합니다. 하지만 주인공은 그리스에서의 친구와 삶을 버리기를 거부하게 되는데 한편, 창이 고장난 것이 자신의 탓이라 생각한 바르나바스는 홀로 유물을 찾게되고 한바탕 소란이 벌어지게 되며 유물의 힘으로 미쳐버린 바르나바스를 유물과 분리시켜 바르나바스를 구하는데 성공하지만 유물의 위험성을 그대로 놔둘 수 없다고 생각한 주인공은 친구들과 그리스를 떠나 이집트에서 새로운 여정을 시작합니다. 여러 세기 후, 주인공은 헤로도토스에게 받은 두루마리를 알렉산드리아 도서관에 두면서 끝나게 되고 다음 시리즈인 발할라와 이어지게 되요.
