2020년 지구는 알수 없는 자기장으로 인해 지구에 피해를 끼치고 있으며 레일라 하산, 숀 헤이스팅스, 레베가 크레인은 뉴 잉글랜드에 좌표가 적힌 신호를 받고 바이킹 약탈자의 유해를 발굴하고 헤르메스 트리스메기스투스의 지팡이의 힘에 시달리던 레일라는 바이킹의 기억을 보기위해 애니머스에 들어가면서 시작됩니다.
서기 855년, 노르웨이의 까마귀 부족인 어린 에이보르 바린스도티르는 잔혹한 군벌 요트베가 고향을 약탈하고 부모를 죽이는 것을 본 후 스튀르비요른손의 왕인 시그루드에게 구출됩니다. 17년 후, 에이보르는 스튀르비요른손 집안에 입양되어 요트베에 대한 복수를 꾀하고 결국 아버지의 도끼를 되찾게 되는데 손이 닿는 순간 에이보르는 오딘의 환영을 보게되고 발카와 상의하게 되는데 발카는 시구르드가 거대한 늑대에게 잡아먹히기 전에 팔을 잃는 또 다른 환영을 보여줍니다.
시그루드는 원정을 갔다가 노르웨이에 같이 온 히든 원의 일원인 바심과 하이담과 함께 돌아오게 되고 스튀르비요른손 왕의 평화적인 해결을 무시하고 에이보르와 시구르드는 요트베를 제거하기 위해 해랄드 왕의 도움을 요청합니다. 승리 후 하랄드는 노르웨이를 자신의 통치 아래 통합하겠다는 의사를 밝히면서 스튀르비요른손은 하랄드 대왕에게 충성을 맹세하면서 왕위를 물려 받을 것으로 기대했던 시구르드를 화나게 만들고 에이보르는 부족의 충성스러운 사람들을 데리고 잉글랜드로 이주하여 약탈한 곳을 발판삶아 정착지를 세우고 레이븐소프로 정하게 되요.
마을을 세우고 상인, 대장장이, 어부들의 사업을 시작하는 것을 도운 에이보르는 하이담을 도와 레이븐소프에 히든 원 스웨이를 설립하고 하이담은 에이보르에게 고대 기사단의 여러 구성원을 추적하고 암살하는 임무를 맡깁니다. 이후 소마라는 바이킹 동료를 도와 메르시아의 위그문드가 지휘하는 색슨족 전사들에게 빼앗긴 그란트브리지 마을을 되찾고 위그문드의 군대를 마을로 들여보낸 배신자를 찾는 것을 돕게 되요. 이 과정에서 에이보르는 이웃 색슨 왕국 및 이바르, 할프단, 웁바, 이스트 앵글리아의 오스왈드, 구스룸, 메르시아의 첼울프가 이끄는 바이킹 부족과 동맹을 맺고 하이담이 기사단을 암살하는 것을 돕습니다.
그밖에 에이보르의 환영 부분에서는 발카는 오딘의 관점에서 아스가르드를 꿈꾸게 하는 영약을 주는데 오딘은 라그나로크에서 자신의 운명적인 죽음을 피하기 위해 로키의 아들 펜리르를 감옥에 가두고 로키와 다른 암살단을 환생시킬 수 있는 마법을 요툰헤임에서 회수합니다. 레일라는 이것이 사실은 대재앙 직전의 이수의 환영이며 오딘을 배신한 후 환생이 금지된 로키가 자신의 생존을 보장하기 위해 다른 방법을 찾았다는 것을 깨닫게 되요.
시구르드와 바심은 이수 유물을 발견하고, 시구르드는 바심에 의해 자신을 신으로 믿게 만듭니다. 웨식스 왕 알프레드의 하인이자 기사단의 대리인인 풀케는 시구르드를 이수 또는 이수의 후돈이라 믿고 붙잡아 고문을 하고 오른팔을 잘라냅니다. 에이보르는 풀케를 죽이고 이상한 환영을 경험하기 시작한 시구르드를 구하기 위해 동료들을 모으고 시구르드와 함께 노르웨이로 돌아가 환상을 조사하고 나무 모양의 컴퓨터 시스템이 있는 이수 사원을 발견하며 에이보르와 시그루드는 발할라로 이동해 끝없는 전투를 즐기지만 에이보르는 시뮬레이션에 불과하다는 것을 깨닫게 됩니다. 영광을 쫓는 것에 환멸을 느낀 에이보르는 시구르드에게 현실 세계로 돌아가자고 설득하고 오딘에게 저항한 후 시뮬레이션에서 탈출하게 되요.
깨어난 에이보르는 바심과 대면하게 되고 마심은 자신과 에이보르, 시구르드가 각각 로키, 오딘, 티르의 환생임을 알려줍니다. 로키의 인격에 사로잡힌 바심은 에이보르를 공격하지만 패배하면서 시뮬레이션에 갇히게 되고 시구르드는 까미귀 클랜의 지도권을 에이보르에게 넘겨주고 에이보르는 잉글랜드로 돌아갑니다. 나중에 에이보르와 웨식스에 대한 구스럼의 공격에 합류하여 치펜햄 전투에서 알프레드 군대를 패배시키고 에이보르는 알프레드를 추적하고 알프레드는 자신이 기사단의 지도자라고 밝힙니다. 기독교에 대한 기사단의 이단성에 혐오감을 느낀 알프레드는 조직을 하느님을 두려워하는 새로운 수도회로 대체하려고 했다는 것을 알면서 에이보르는 알프레드를 살려두고 영웅의 환대를 받으며 레이븐소프로 돌아와요.
현재로 돌아와서 자기장 강화가 2012년 데스몬드 마일즈가 이수 타워를 활성화한 결과라고 추론합니다. 현장을 안정시키기 위해 레일라는 노르웨이 사원으로 가서 시뮬레이션에 참여하고 바심을 만나 자신이 암살단을 에이보르로 이끌었다고 밝히고 자기장을 안정화하는 방법을 알게됩니다. 하지만 그 사이에 시뮬레이션에 갇혀있던 바심은 시뮬레이션을 탈출하고 레일라는 갇혀버리는 꼴이 되었고 레일라는 리더라는 존재를 만나 미래의 재앙을 막기위해 서로 협력하게되고 한편, 바심은 로키의 연인 알레테이아의 의식이 담긴 헤르메스의 지팡이를 들고 사원을 탈출해 로키의 실종된 아이들을 찾기위해 애니머스에 들어가게 되요.
