세피로 대륙에서 균형의 기둥인 에메로드 공주에 의해 평화와 화합으로 유지되고 있던 가운데 사악한 사제 자가토는 에메로드 공주를 납치하게 되면서 세피로 대륙에 괴물들이 늘어나기 시작했어요. 한편 마법기사가 될 소녀 3명은 모두 동경 타워를 견학 중이였던 가운데 에메로드 공주의 소환으로 강제로 세피로 대륙으로 소환되었습니다. 그리고 자가토를 상대하기 위해서 전설의 광물을 찾아 성장하는 검과 갑옷을 만들고 자가토를 무찌르고 에메로드 공주를 구하기 시작해요.
이야기는 3명의 마법 기사들이 땅에 누워있는 것으로 시작됩니다. 3명 모두 동경 타워를 견학 중이었다는 것이 공통점이고 모두 자기 소개를 합니다. 그때 크레프가 나타나 3명이 마법기사라는 사실에 믿음은 가진 않지만 이곳은 세피로이며 전설의 기사 매직 나이트이기 때문에 에메로드 공주가 소환했다고 해요. 우선 에렐의 숲 깊숙히 있는 보물상자에서 물건을 무사히 가지고 온다면 원래의 세계로 돌아가는 방법을 알려준다고 합니다. 남쪽으로 나가서 남서쪽 바로 보이는 야자수 두그루가 있는 곳으로 가세요.
한편 자가토와 이노바가 대화를 하는 장면이 나오고 아르시오네를 시켜 마법기사를 처리하라는 명령을 내려요. 에렐의 숲을 올라가면 반짝 거리는 곳은 저장과 회복이 가능한 지점입니다. 그리고 색이 조금 다른 나무 앞으로 다가가면 에렐이 나타나고 찾고있는 상자는 분홍색 꽃과 오렌지색 꽃 사이를 지나가면 된다고 해요. 그사이엔 나무가 있고 우미는 나무에 있는 구멍을 뚫어버립니다. 곧장 올라가서 물이 있는 곳에서 회복을 하고 좀더 북쪽에 상자가 있어요. 상자를 가지고 크레프에게 가면 매직나이트가 되어서 세피로를 구하는 방법이라고 합니다. 에메로드 공주는 현재 신관 자가토가 감금했기 때문에 마물들이 날뛰게 되었고 이대로라면 세피로가 위험하다고 해요. 그러면서 마법 기사들에게 장비와 마법을 전수하는 도중에 아르시오네가 나타나 방해를 하고 크레프는 그리핀을 소환해 마법 기사들을 대피시켜요. 하지만 곧 따라잡히게되고 전투를 하게되지만 첫 보스 치고는 약하기도 하고 히카루의 호노오노야 마법만 사용하면 됩니다. 전투에서 이기면 그리핀이 어떤 마을 앞에다가 마법 기사들을 떨궈주고 떠나요.
우선 마을 사람들과 대화하면 동쪽에는 프레세아 창사가 있고 남쪽의 다리를 건너려면 에스크드라 불리는 광물로 만들어진 무기가 필요하다는 것을 알 수 있어요. 마을을 나가 동쪽에 다리를 건너 동쪽 언덕위에 있는 프레세아의 집으로 갑니다. 오른쪽으로 가면 모코나라는 애완동물이랑 마주치게 되고 프레세아가 준비해둔 함정에 걸려들어요. 하지만 마법 기사라는 것을 알게되자 풀어줍니다. 그리고 무기를 받게 되는데 성장하는 무기를 만드려면 전설의 에스크드가 필요하다고 하면서 전설의 샘 에테르나에 있다고 해요. 그리고 모코나도 일행에 참여하게 됩니다. 집 밖으로 나오면 에테르나는 침묵의 숲을 통해 가야한다고 말할거에요. 침묵의 숲에서는 마법과 아이템을 사용할 수 없다고 합니다. 이어서 라파가가 나타나서 무기를 전해받고 자가토를 잡는건 마법기사가 없어도 할수있다면서 떠납니다.
언덕을 내려와서 바로 동쪽에 야자수가 있는 곳으로 들어가려고 하면 모코나가 마법으로 호텔을 만들고 메뉴로 돌아가면 제일 오른쪽 모코나 메뉴가 새로 생기게 됩니다. 숲으로 들어가서 서쪽에 있는 괴물과 마주쳐 싸우세요. 어차피 마법은 쓸 수 없으니 일반 공격으로 처리하면 됩니다. 어렵지 않아요. 전투가 끝나면 똑같은 녀석을 또 만나게 되지만 페리오가 나타나 한방에 날려버립니다. 페리오도 전설의 광물을 찾으러 이곳에 왔네요. 후우는 페리오를 꼬득여 동료로 들어오게 되고 모코나가 알려준 방향으로 가다가 괴물과 싸우고 숲을 빠져나가면 우미 혼자서 아르시오네랑 싸움에서 지게될 것입니다. 그 모습을 본 히카루가 혼자서 상대하게 되고 그 사이에 모코나를 통해 크레프가 나타나 우미에게 마법을 알려주게 됩니다. 이제 제대로 아르시오네랑 겨루게 되었고 숲을 빠져나왔으니 우미의 미즈노류우화 함께 히카루의 마법을 사용하고 후우의 공격은 통하지 않으니 아이템 챠큐브를 사용해 회복을 시키면서 물리치세요. 전투에서 이기면 후우도 치유 마법을 배우게 됩니다. 페리오는 전설의 광물을 얻어서 마법기사가 되려고 했었지만 일행이 진짜 마법기사라는 것을 알게되자 북동쪽에 있다고 알려주고 뒤를 맡기게 되요. 그리고 후우에게 피어스를 건네줍니다.
이제 북동쪽에 에테르나로 가면 마법기사들은 샘에 빠지게 되고 한편 자가토는 임무에 실패한 아르시오네를 추방하게 되요. 이제부터 개별 플레이를 해야합니다. 순서대로 히카루부터 진행할게요. 이상한 곳에 누워있는 히카루에게 누군가가 말을 하고 던전은 눈에 보이는 것이 다가 아니라고 합니다. 그 말은 조금은 달라보이는 벽을 뚫고 진행할 수 있다는 의미에요. 끝까지 가면 애완견 히카리를 만나지만 히카루에게 달려드는 것을 보고 가짜라는 것을 느끼고 전투를 하게 됩니다. 전투가 끝나고 다음인 우미를 선택하세요. 역시나 히카루와 비슷한 곳에서 시작합니다. 조금 다른 점은 달라보이는 벽이 두가지라는 거에요. 히카루였을 때 하나랑 또다른 벽인데 그 다른벽은 무조건 전투가 일어납니다. 어쨌든 끝까지 가면 우미의 부모가 나타나서 전투를 하게되요. 마지막 후우도 조금은 다르지만 같은 방식으로 진행해서 자신과의 싸움에서 이기면 3명 모두 샘에서 나오면서 전설의 광물 에스크드를 얻게 됩니다. 때마침 프레세아가 그곳에 도착해 광물을 이용해서 각자 무기를 만들어주고 갑옷은 성장하게 되어 외관이 변하게 됩니다. 프레세아는 남쪽의 해변으로 가라고 해요.
남쪽으로 가서 붉은 보석이 있는 다리를 건넙니다. 조금더 남쪽으로 가면 마을이 있을거에요. 필요한 아이템을 산 후 계속 남쪽으로 넓은 곳으로 가면 모코나가 날아다니는 그릇을 만들어서 모두 탑승하게 되지만 불행하게도 추락해 바다 밑으로 가라앉게 됩니다. 이곳에서 위쪽으로 통과할 때는 반대쪽에 뚫린 곳으로만 넘어갈 수 있어요. 그리고 적들은 강하기 때문에 마법을 잘 활용해야 합니다. 레벨이 20쯤 되야 좀 수월해질 것이에요. 계단이 있는 입구에서는 왼쪽에서 두번째로 가서 다리를 건너면 바다의 신전으로 들어갈 수 있습니다. 우미는 이곳에 마치 알고 있다는 듯이 마신이 있다면서 혼자 안으로 들어갑니다. 안쪽에는 마법기사에 의해서만 나타나는 전설의 마신 세레스가 있고 뒤에서 아스코트가 나타나 마법기사 누나들을 죽이러 왔다고 말합니다. 이제 우미는 친구들을 지키기 위해 혼자서 페지어랑 싸우게 되요. 페지어의 불을 막기위해 방어를 한 후 적절하게 공격하면 됩니다. 전투에서 이기면 우미는 아스코트를 설득해 자가토에서 떨어트리고 세레스는 아직까지는 자기를 조종할 힘이 부족하다면서 진정한 마법기사가 될 때까지 잠시 잠들어 있는다고 합니다. 한차례 검과 갑옷이 성장하게 되고 아스코트는 일행에 합류하게 되요. 아스코트는 사과의 의미로 다음 마신의 위치를 알려줍니다. 한편, 자가토는 마신 중 하나가 깨어났다는 것을 인지하게되고 카르디나는 마법기사를 물리치기 위해 나서게 되요.
다시 해변으로 돌아와서 아스코트는 북동쪽에 되돌아오는 산을 통해 부유대륙에 갈수 있을 것이라고 말합니다. 우선 마을로 들어가면 데스플라워에게 마을이 공격을 받게 되고 전투를 하게 되요. 전투가 끝나면 마지막 괴물이 할머니를 공격하려고 할 것이고 아스코트는 괴물을 소환해 데스 플라워를 죽이게 됩니다. 그 광경을 목격한 사람들은 아스코트를 무서워 하지만 어쨌든 잘 해결이 되요. 이제 마을을 나와서 바로 북동쪽에 보이는 산으로 갑니다. 문이 잠겨있는 것을 확인한 후 다시 마을로 돌아와서 북서쪽에 있는 장로의 집으로 가서 열쇠를 받으세요. 안으로 들어가서 산의 정상으로 갑니다. 곧이어 태풍이 일행을 휩쓸고 가게 되어 부유대륙의 바람의 미궁에 도착하게 되요. 이 곳에는 포탈로 다른 곳으로 이동 할 수 있습니다. 미궁을 빠져나와 하늘의 신전에 도착하면 이번엔 후우가 혼자 안으로 들어가게 되고 아스코트는 마을로 돌아가 있으라고 해요.
안으로 들어가면 카르디나가 나타나 둘이서 전투를 하게 되는데 히카루의 시로키 센 코우(30)와 우미의 코오리 노 란부(25)로 상대해주면 됩니다. 안으로 들어가면 마신 윙담이 있고 카르디나가 다시 나타나 이전 전투에서 마법으로 히카루와 우미에게 미리 술법을 걸어 조종하게 되면서 히카루와 우미는 후우를 공격하게 되요. 이 전투는 그냥 죽으면 됩니다. 괜히 죽이려고 하지 마세요. 이제 후우와 카르디나와의 전투가 시작됩니다. 전투가 끝나면 카르디나는 정신을 차리게 되고 검과 갑옷이 성장하게 됩니다. 한편 이 사실을 알게된 자가토는 에메로드 공주와 대화를 하게 되고 공주는 그만 두라고 하지만 자가토는 무로 돌아갈 때까지 멈추지 않겠다고 합니다. 그때 라파가가 나타나 자가토를 저지 하려고 하지만 오히려 자가토에게 조종당해 마법기사를 제거하라는 명령을 받게됩니다. 카르디나는 동료로 받아준다면 다음 마신이 있는 곳을 알려준다고 해요. 그리고 동료로 고용하기 위해서 3만골드를 요구합니다. 3만골드는 있을거 같긴 하니까 제안을 받으세요. 카르디나는 북서쪽 대륙 끝에 있는 화산에 있다고 해요. 잠시 마을로 돌아와서 북동쪽에 있는 집에서 아스코트랑 대화하면 매직오브를 받게 됩니다.
일단 가기전에 남서쪽 대륙 끝에 있는 에메로드 성으로 가서 보물들을 털고 성을 나와 북쪽의 다리를 건너면 있는 산으로 가세요. 산의 꼭대기에 있는 입구로 들어갑니다. 북쪽 벽에는 3개의 스위치가 있고 우선 제일 오른쪽에 있는 스위치부터 작동시킨 후 제일 왼쪽부터 들어가서 아이템을 챙기세요. 이제 북쪽에 4개의 입구중 제일 왼쪽이 앞으로 진행해야할 입구고 3, 4번째에는 아이템이 있어요. 이제 다리를 건너면 불의 신전이고 이전과 같이 이번엔 히카루 혼자서 들어갈 것입니다. 다른 일행들도 들어가려고 하지만 라파가가 나타나 일행과 전투를 하게 됩니다. 라파가를 쓰러뜨려도 계속 되살아나니 그냥 죽으세요. 이제 히카루쪽으로 화면이 바뀌고 레이어스가 히카루를 부릅니다.
레이어스와 대화가 끝나면 제단으로 돌아와 보물을 챙기고 친구들을 구하러 밖으로 나가세요. 이제 히카루와 라파가랑 전투가 시작되지만 반격은 할 수 없기 때문에 그냥 죽습니다. 그때 레이어스가 나타나 라파가를 밀쳐내고 히카루에게 친구의 방패가 되진 말라고 하지만 히카루는 에메로드 공주를 구해 친구들과 꼭 살아서 동경으로 돌아갈거라고 말하게되고 다시한번 라파가와 싸우게 됩니다. 그냥 편하게 상대해주면 되요. 전투에서 이기면 라파가는 정신이 돌아오고 진정한 마법기사로 거듭나게 됩니다. 역시나 라파가는 사과하는 뜻으로 자가토의 성으로 안내해 주겠다고 하면서 카르디나는 무리에서 빠지게 됩니다. 라파가는 안개의 호수의 작은 섬을 통해 자가토의 성으로 갈 수 있다고 해요. 한편, 자가토의 성에서는 모든 마신들이 깨어나서 이노바가 어땐 댓가를 치뤄서라도 마법기사를 저지하겠다고 합니다.
이제 대륙의 정중앙에 호수가 있는데 남쪽 다리를 나와서 남동쪽으로 가면 있어요. 그곳에 끊겨진 다리앞으로 가면 모코나의 도움을 받아 섬으로 진입할 수 있습니다. 밑으로 내려가는 입구로 들어가면 제일 복잡한 던전에 도착하게 되지만 워낙 난이도가 낮은지라 살짝 복잡할 뿐이에요. 중앙에 있는 포탈을 이용하면 거울의 미궁에 도착합니다. 주변에 거울들이 많은데 유독 달라보이는 거울이 통로에요. 그렇다고 모두 올바른 길은 아닙니다. 2층으로 올라가면 남쪽 통로 건너편에 또다른 통로 오른쪽은 피하세요. 밟으면 어디론가 이동하게 됩니다. 가다보면 이노바가 나타나서 전투를 하게 됩니다. 확실히 이노바는 강하긴 해요. 히카루의 호노오 노 켄(40)과, 우미의 아오이 키바(40), 라파가의 일반 공격, 후우는 미도리 노 츠바사(20)로 방어를 하거나 마신 노 카제(40)를 사용해서 공격해도 됩니다. 이노바를 물리치면 세르베로스로 변신하고 다시 싸우게 되요. 공략은 동일하게 사용하면 됩니다. 이제 구석으로 가면 라파가는 떠나고 마법기사만 남아서 자가토의 성으로 들어가게 됩니다.
성에 들어가서 조금만 올라가면 아르시오네가 나타나서 복수를 시작하게 되고 아르시오네와 세르베로스 2마리가 동시에 공격하기 때문에 이노바를 상대할 때보단 좀 힘겹긴 합니다. 우선 세르베로스를 처리하고 어차피 세이브 포인트가 있으니 마법을 마음껏 사용해서 아르시오네를 처리하세요. 아르시오네는 다시 성으로 돌아가서 자가토의 마음에 에메로드 공주만 있기 때문에 에메로드 공주를 죽여서라도 자가토의 눈에 들려고 하지만 자가토는 결국 아르시오네를 죽여버립니다. 자가토의 성은 그냥 조금더 복잡할 뿐이에요. 결국 자가토를 만나게 될것이고 후우는 필요하면 미도리 노 츠바사(20)나 미도리 노 치카라를 사용해 방어, 치유를 위주로 사용하고우미는 아오이 키바(40), 히카루는 호노오 노 켄(40)를 사용합니다. 첫번째 전투는 쉽게 끝날거에요. 이어 자가토는 자신이 만들어낸 마신을 불러내고 혼신을 다해서 싸우세요.
자가토를 쓰러트리면 에메로드 공주는 이상하게 변하게 됩니다. 에메로드 공주는 마법기사를 죽여려 들고 결국 에메로드 공주의 마신과 싸우게 되요. 절때 이길 수 없으니 죽습니다. 에메로드 공주는 다시 원래대로 돌아와서 설명하는데 세피로의 기둥인 공주가 자가토를 사랑했었지만 마법기사가 죽였으니 기둥을 포기하고 자가토의 사랑을 쫒은 에메로드 공주가 변하게 된거라고 합니다. 정리하면 공주는 잡혀온게 아니라 자가토를 위해 스스로 갇혀서 세피로를 위해 기도를 하고 있었다고 해요. 하지만 잘 되지 않자 자신을 죽이기 위해 마법기사들을 소환했다고 합니다. 결국 다시 에메로드 공주와 싸우게 되고 역시 최선을 다해서 싸우면 되요. 좀전의 전투처럼 막장으로 강하진 않기 때문에 버틸만 할것입니다. 전투에서 이겨 에메로드 공주를 자가토의 곁으로 보내주면 성이 무너지면서 마신을 타고 마을로 이동하게 되고 그곳에서 페리오가 공주의 동생이라는 것을 알수 있습니다. 에메로드 공주는 다시 나타나서 이번일로 자신을 탓하지 말라고 하면서 기둥으로써 자유로워지고 자가토만 바라볼 수 있게 해서 감사하고 이런일이 생기게 한 것에 대해 미안하다고 합니다.
