2052년, 세계는 테러리스트, 마약 조직원, 그리고 무법자들이 세계 정복을 하기 위해 일부 지역에서는 폭력과 속임수를 사용하여 관리하고 회색 죽음이라고 불리는 치명적인 바이러스가 전 세계에 만연하고 있으며, 유일한 치료제는 베르사라이프가 제조한 암브로시아라고 알려진 화학물질 이에요. 하지만 암브로시아의 공급은 부족했고 특히 미국이 이 치료제를 받는 사람을 주의 깊게 감시하고 통제하고 있습니다.
이런 것에 대해 반기를 들은 프랑스 테러 조직 실루엣은 프랑스와 미국인들 사이의 우정의 역사적인 상징인 자유의 여신상을 폭격하게 되고 미국은 이에 대응하여 테러를 제거하고 세계의 평화를 유지하기 위해 유엔 반테러 연합(UNATCO)은 리버티 아일랜드 지하에 사령부를 건설하게 되었는데 국가분리주의 세력(NSF)이 UNATCO 본부에 있는 암브로시아 보급품을 급습하게 되면서 게임의 고급 나노 기술로 물리적으로 변환된 주인공인 JC 덴튼이 형인 폴에게 첫 임무를 맡게 됩니다.
첫임무를 마치고 돌아온 JC는 본부로 돌아오게 되고 맨더리와 폴이 24시간 킬 스위치를 착용하고 있으며 폴이 배신해서 활성화 되었다고 해요. 맨더리는 JC에게 홍콩행 항공편을 이용해 킬 스위치를 비활성화할 수 있는 해커를 제거하라고 하지만 자신의 아파트로 돌아와서 숨어있는 폴을 발견하게 됩니다. 폴은 이유를 설명하고 JC에게 NSF와 손을 잡자고 제안하게 되면서 JC도 연방비상관리국(FEMA)의 윌틀 시몬스에 의해 킬 스위치가 작동되게 되었고 결국 UNATCO 본부의 비밀감옥에 갇히게 되요.
대달루스라는 이름의 단체는 JC와 연락하여 감옥이 마제스틱 12(M-12)의 일부임을 알리고 JC가 탈출할 수 있게 도와주며 홍콩으로 도망쳐 킬 스위치를 비활성화 할수 있는 통을 만나게 된 후 통은 베르사라이프 건물로 침투할 것을 부탁하고 JC는 그 회사가 회색 죽음의 원흉임을 알게되면서 바이러스에 대한 계획을 훔치고 바이러스를 생산하는 UC를 파괴 한후 바이러스는 일루미나티에 의해 설계되었다는 것을 알게 됩니다.
JC는 파리로 가서 일루미나티의 지도자 모건 에버렛과 만나 회색 죽음의 기술은 원래 좋은 쪽으로 쓰일 예정이었지만 밥 페이지가 이끄는 마제스틱 12가 중간에 훔친 후 용도를 변경했다는 것을 알게 됩니다. 에버렛은 베르사라이프의 UC가 없다면 마제스틱 12는 더 이상 바이러스를 만들 수 없게 되면서 51지역에서 또 다른 바이러스를 만들었는데 반덴버그 공군 기지를 표적으로 삼을 가능성이 높다는 것을 알게 되고 X-51의 지도자 게리 새비지를 만나 대달루스가 에셜론 프로그램에서 작동하는 AI라는 것을 알게 됩니다.
에버렛은 대달루스를 미국 네트워크에 침투하게 하면서 마제스틱 12의 통신망을 장악하려 하지만 페이지는 자신의 AI인 이카루스를 투입해 방어하게 되고 이카루스는 대달루스와 합쳐져 모든 글로벌 통신을 제어할 수 있는 새로운 AI 헬리오스를 형성하게 됩니다. 새비지는 마제스티 12의 반덴버그 공습 중에 손상된 UC의 구성을 재구성하기 위해 JC에게 회로도의 조달을 요청했고 회로도가 새비지에게 전송될때 페이지는 전송을 막고 반덴버그에 핵 미사일을 발사하여 51지역을 바이러스를 생산할 수 있는 유일한 장소로 만드려고 합니다. 그러자 JC는 재 프로그래밍해서 핵 미사일이 51지역에서 터지게 하고 페이지를 상대하기 위해 직접 51구역으로 이동하게 되요.
페이지는 헬리오스와 합쳐셔 나노기술에 대한 완전한 통제권을 얻을려고 하고 JC는 통, 에버렛, 헬리오스 AI에 동시에 연락을 취하면서 세 진영 모두 자신의 목표를 달성하면서 페이지를 물리치는데 도움을 요청하게 됩니다. 통은 글로벌 통신 허브를 파괴함으로써 누구도 세상을 장악하지 못하게 하고 암흑 시대로 돌리려고 하고 에버렛은 덴튼에게 페이지를 죽이고 보이지 않는 손으로 세상을 비재하기 위해 51지역의 기술을 사용하여 일루미나티를 권력으로 되돌릴 수 있는 기회를 제공하며 헬리오스는 덴튼과 합쳐져 무한한 지식과 이성을 가진 자비로운 독재자로서 세상을 다스리기를 원합니다. 마지막에 JC는 세가지중 하나를 선택해 미래를 결정하면서 끝나게 되요.
처음에 JC의 기술을 업그레이드 할수 있는데 해킹이나 잠금해제가 낮으면 오롯이 데이터큐브와 특정한 문을 열수 있는 나노키에 의존해야해요. 데이터큐브를 통해 각종 중요한 특히 문의 비밀번호라던가 아주 중요한 정보를 얻을 수 있으며 나노키는 얻는다고 해도 어떤 문의 열쇠라는 것만 알려줄뿐 정확한 위치는 알려주지 않기 때문에 이미 지나친 잠긴 문을 다시 확인하러 가야하는 불편함이 생기며 의존할 수 밖에 없습니다. 그래서 해킹은 잠긴문을 열어준다던가 카메라를 끈다던가 포탑이 적을 공격하게 하는 기능이고 그밖에 해킹을 통해 정보를 얻을 수 있으며 잠금해제의 경우 좌물쇠따개와 멀티툴의 사용시간을 늘려줌으로써 같은 잠김정도라고 해도 적게 사용할 수 있게 됩니다. 물론 잠긴문의 데미지 표시도 있는데 파괴력이 있는 무기로 터트릴 수 있지만 무기와 돈은 한정되어 있기 때문에 절약하면서 사용해야하고 무기의 경우 별도의 아이템을 통해 업그레이드가 가능해요.
Warren Spector, Bill Money, Matt Baer, Ken Cobb, Alex Duran, Philip H. Sulak, Albert Yarusso, Ricardo Bare, Monte Martinez, Steve Powers, Harvey Smith, Andy Dombroski, Kent Hudson, Michael Dean, Jay Lee, Hugh Suh, Michael Washburn, Denis R. Loubet, Mark Vearrier, Alexander Brandon, Todd Simmons, William Wallace, Sheldon Pacotti, Sarah Paetsch
